沿革概要

　本校は、平成２３年４月１日、佐世保市立旭中学校と佐世保市立花園中学校の統合によって新設されました。校区は、小佐世保小学校、祇園小学校、山手小学校（烏帽子分校を含む）の３小学校区からなり、佐世保市最大の四ヶ町・サンプラザ商店街を含む、各学年４クラスの中規模校となりました。

　佐世保市立旭中学校は、昭和２２年４月に、戸尾小・小佐世保小・光園小校区の新制中学校として創立され、元海軍福石工員寄宿舎跡を仮校舎として授業を開始しました。その後、小佐世保小の一部・元市立第二高女後に移転し、昭和２４年５月２６日、新校舎の落成にともなって現在地（祇園町）に移転しました。昭和３２年の花園中学校創立により、光園小学校区は花園中学校区となりました。平成１３年4月からは、戸尾小と光園小が合併して祇園小学校となったことに伴い、元戸尾小校区の生徒と小佐世保小校区の生徒が通うようになりました。

　佐世保市立花園中学校は、昭和３２年４月１日、旭中学校と清水中学校の一部を分離独立して創立されました。当時、山手小学校卒業生１８４名と光園小学校卒業生３８名、計２２２名（男１１０名、女１１２名）が、清水中学校にて入学式を挙行。６教室を借りて、第１学年６学級編制にて授業開始。同年５月２５日には、花園町の新校舎で授業を開始しました。

　市内の中心街に位置し、輝かしい伝統を誇る両校も、ドーナツ化による生徒数減と少子化により、１学年２学級の小規模校となり、全校でも１５０名程度という状況も出てきました。そのため、学校規模の適正化を図ることによって教育活動を活性化しようと、平成２１年６月議会で統合が決定され、平成２３年４月１日、旧花園中学校校地にて佐世保市立祇園中学校が開校しました。

　開校に伴って、特別支援学級（知的）に「自閉症・情緒」学級が加わり、全１４クラスでのスタートました。

平成２３年の開校から２年間、花園校舎で過ごしたあと、平成２５年３月に新校舎が旧旭中学校地に完成し、３月２６、２７日に移転作業を行いました。開校３年目を迎えた４月１日からは、新校舎（佐世保市祗園町１４番１２号）で、全１４クラス、４２１名の生徒が学校生活をおくっています。